论文查重软件是指利用计算机技术检测论文中是否存在抄袭、剽窃等现象的工具。学术评价体系是对学术成果进行评价和排名的体系，包括论文数量、质量、影响因子等指标。论文查重软件与学术评价体系的关系体现在，查重软件可以帮助学术机构和期刊编辑保障学术诚信，防止学术不端行为的发生，提高学术评价的客观性和公正性。同时，通过查重软件的使用，也可以促进学术界的创新和进步，推动学术研究的发展。

此外，论文查重软件还可以帮助学者提高学术写作质量，避免无意间的抄袭行为，保护学术成果的独立性和原创性。在学术评价体系中，对于使用查重软件的论文可能会获得更高的评价，因为其具有更高的学术诚信度。因此，论文查重软件与学术评价体系之间是相辅相成、互相促进的关系，共同维护了学术界的规范和秩序。